Desde el interior del museo se puede tener acceso por medio de una escalera que consta de dos tramos, hasta las puertas de la capilla de Aranzazu, la cual es única en América Latina debido a que es la única iglesia que está ubicada en un segundo piso y está dedicada a una virgen de origen español “La Virgen de Aranzazu”, dicha capilla fue construida por la orden franciscana en el siglo XVIII y formaba parte del convento, durante la época de la revolución se prohibió el culto dentro de la capilla y a partir de 1949 se destinó a museo.