Construida dentro de la Plaza de San Francisco, debido a que anteriormente se instaló en este lugar la primera orden religiosa que llegó a San Luis Potosí para iniciar la evangelización de los indígenas. Se comenzó a construir a finales del siglo XVI y fue concluido a finales del siglo XVIII. Gran parte del convento fue destruido debido a las Leyes de Reforma.

El convento estaba conformado por su iglesia principal y por dos templos más: El de la Tercera Orden y del Sagrado Corazón.
La iglesia se ubica en la parte central del jardín, su fachada es de cantera, de estilo barroco con una imagen de San Francisco de Asís en el segundo plano y en su interior se pueden apreciar varias pinturas y esculturas religiosas de Miguel Cabrera y Antonio Torres, así como un impresionante órgano no tubular de estilo barroco que fue construido a finales del siglo XVIII.

Uno de los lugares más importantes en el interior de esta iglesia es la sacristía, que tiene un gran valor, debido a su arquitectura, mobiliario y obras pictóricas